La gestione e il controllo del Programma devono essere conformi al principio di sana gestione amministrativa e finanziaria e lo Stato membro deve assicurare un corretto impiego dei Fondi comunitari attraverso efficaci sistemi di controllo, come previsto dai Regolamenti Comunitari.

Nel rispetto del principio della separazione delle funzioni, al fine di garantire l’efficace e corretta attuazione del Programma e il corretto funzionamento del Sistema di Gestione e Controllo, sono individuate tre Autorità: l’Autorità di Gestione, l’Autorità di Certificazione e l’Autorità di Audit, oltrechè gli Organismi Intermedi.